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Unique identifier OMICS_14484
Name ContaMiner
Interface Web user interface
Restrictions to use None
Input data The (merged and scaled) diffraction data file
Input format CIF, MTZ
Output data Summarizes the MoRDa scores from all MR trials, and infers the likelihood of each individual contaminant being a solution.
Programming languages Shell (Bash)
License GNU General Public License version 2.0
Computer skills Basic
Stability Stable
Source code URL https://codeload.github.com/StruBE-KAUST/ContaMiner/zip/master
Maintained Yes

Maintainer


  • person_outline Stefan Arold

Information


Unique identifier OMICS_14484
Name ContaMiner
Software type Package/Module
Interface Command line interface
Restrictions to use None
Input data The (merged and scaled) diffraction data file
Input format CIF, MTZ
Output data Summarizes the MoRDa scores from all MR trials, and infers the likelihood of each individual contaminant being a solution.
Operating system Unix/Linux
Programming languages Shell (Bash)
License GNU General Public License version 2.0
Computer skills Advanced
Stability Stable
Source code URL https://codeload.github.com/StruBE-KAUST/ContaMiner/zip/master
Maintained Yes

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  • person_outline Stefan Arold

Publication for ContaMiner

ContaMiner citations

 (6)
call_split

The ancestral retinoic acid receptor was a low affinity sensor triggering neuronal differentiation

2018
Sci Adv
PMCID: 5821490
PMID: 29492455
DOI: 10.1126/sciadv.aao1261
call_split See protocol

[…] collected from one crystal cryoprotected with 30% glycerol on the ID29 beam line at the European Synchrotron Radiation Facility in Grenoble, France. Data were analyzed for protein contaminants using ContaMiner (). The crystal structure of the PduRAR LBD–ATRA complex was determined by molecular replacement using MoRDa (). MoRDa placed four molecules in the asymmetric unit, forming two canonical nu […]

library_books

A critical examination of the recently reported crystal structures of the human SMN protein

2016
Hum Mol Genet
PMCID: 5418738
PMID: 27577872
DOI: 10.1093/hmg/ddw298

[…] different crystal forms (,). It is therefore expedient for the protein crystallographer to be alert for false-positive crystallization hits from non-target proteins. Notably, for the 4NL7 dataset the ContaMiner webserver () identifies Hfq as the highest scoring molecular replacement template from its database of likely crystallization contaminants (). Consequently, during the process of structure […]

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Considérations nosographiques sur le délire d'infestation parasitaire à travers trois observations cliniques

2016
PMCID: 5012770
PMID: 27642468
DOI: 10.11604/pamj.2016.24.130.6512

[…] présentait ni signes de désorganisation patents ni bizarrerie comportementale. Son état émotionnel était dominé par la tristesse et l'angoisse générée par cette « infestation » et surtout la peur de contaminer les membres de sa famille, compte tenu de sa proche libération. La pensée du patient était globalement cohérente et demeurait centrée sur l'infestation. Il décrivait avec détail les trajets […]

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Formes hémorragiques graves de la fièvre de la vallée du Rift: à propos de 5 cas

2016
PMCID: 5012792
PMID: 27642413
DOI: 10.11604/pamj.2016.24.73.9573

[…] La fièvre de la vallée du Rift (FVR) est une arbovirose due à un virus à ARN appartenant à la famille deBunyaviridae (genre phlebovirus) touchant principalement les animaux, mais pouvant aussi contaminer l′homme, soit directement par la manipulation des viandes ou avortons d'animaux malades ou indirectement par la piqure de moustiques infectées (Aèdes sp, anophèles sp, Culex sp) [, ]. Cette […]

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Pontage fémoro fémoral croisé avec tunnulisation périnéale sous scrotale pour une infection grave du triangle de scarpa

2015
PMCID: 4761245
PMID: 26955419
DOI: 10.11604/pamj.2015.22.230.7832

[…] infecté avec un risque de contamination secondaire.Dans notre cas, nous avions un double objectif: éviter la proximité du scarpadroit qui est infecté et éviter d'aborder le scarpagaucheafin de ne pas contaminer le pontage aorto-fémoral gauche qui est perméable. Nous avions modifié alors le tunnel de telle sorte quele pontage passe le long du périnée au-dessous de la base du scrotum dans le tissu s […]

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Histoire d’un itinéraire épidémiologique entre le Burkina Faso et la Côte d’Ivoire : le cas des foyers de maladie du sommeil de Koudougou

2012
PMCID: 4898136
PMID: 23193525
DOI: 10.1051/parasite/2012194397

[…] (). Si au fur et à mesure du contrôle de l’endémie en Haute- Volta, les migrations en direction de la Côte d’Ivoire comportaient de moins en moins de trypanosomés, les migrants se faisaient désormais contaminer sur place où la maladie circulait (les malades dépistés étaient tous en première période, signe d’une contamination récente) (). Progressivement, ces migrants ont remplacé la forêt située a […]

Citations

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ContaMiner institution(s)
King Abdullah University of Science and Technology, Center for Computational Bioscience Research, Division of Biological and Environmental Sciences and Engineering, Thuwal, Saudi Arabia; Fachbereich Biologie, Universität Konstanz, Konstanz, Germany
ContaMiner funding source(s)
Supported by the King Abdullah University of Science and Technology through the baseline fund and the Office of Sponsored Research under award Nos. URF/1/1976-04 and URF/1/2602-01-01.

ContaMiner reviews

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