CoVaCS specifications

Information


Unique identifier OMICS_27756
Name CoVaCS
Alternative name Consensus Variant Calling System
Software type Pipeline/Workflow
Interface Web user interface
Restrictions to use Academic or non-commercial use
Input format FASTQ,BAM/SAM,SRA,ZIP,GZ,TAR
Computer skills Basic
Stability Stable
Registration required Yes
Maintained Yes

Maintainer


  • person_outline Graziano Pesole <>

Additional information


https://bioinformatics.cineca.it/covacs/help.php

Publication for Consensus Variant Calling System

CoVaCS institution(s)
Dipartimento di Bioscienze, Università degli Studi di Milano, Milan, Italy; SCAI, Cineca, Consorzio Interuniversitario di Supercalcolo, Rome, Italy; Istituto di Biomembrane Bioenergetica e Biotecnologie Molecolari, Consiglio Nazionale delle Ricerche, Bari, Italy; Dipartimento di Bioscienze, Biotecnologie e Biofarmaceutica, Università degli Studi di Bari “A. Moro”, Bari, Italy
CoVaCS funding source(s)
Supported by: MIUR and CNR, Italy (EPIGEN Project); EU H2020 (ELIXIR-EXCELERATE project); Regione Puglia, “Aiuti a Sostegno dei Cluster Tecnologici Regionali” (Project MTJU9H8: DICLIMAX: Strumentazione per diagnostica clinica basata su Next Generation sequencing di acidi nucleici); and by the Italian Ministry of Health, Bando di Ricerca Finalizzata e Giovani Ricercatori (GR-2011-02347129, “Next-generation sequencing to study the penetrance of dominantly inherited porphyrias.”).

CoVaCS reviews

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